Il existe plusieurs façons de représenter des surfaces en 3D. Je vous en propose une qui utilise la fonction de base persp(). #on construit les fonctions à représenter f1 et f2 f1<-function(x,y){    15*sin(sqrt(x^2+y^2))}################mu1<-0 mu2<-0 s11<-15 s12<-20 s22<-10 rho<-0.5 f2<-function(x,y){term1<-1/(2*pi*sqrt(s11*s22*(1-rho^2)))term2<–1/(2*(1-rho^2))term3<-(x-mu1)^2/s11term4<-(y-mu2)^2/s22term5<–2*rho*((x-mu1)*(y-mu2))/(sqrt(s11)*sqrt(s22))term1*exp(term2*(term3+term4-term5))}# on définit deux vecteurs correspondant aux axes x et yx<-seq(-15,15,length=50)y<-x# on calcule la valeur de z=f(x,y) pour tous les couples x[i],y[i] avec la fonction outerz1<-outer(x,y,f1)z2<-outer(x,y,f2)#on utilise la fonction perspx11()persp(x,y,z1,theta=30,phi=40,expand=0.5,col= »lightblue »,ticktype= »detailed »)x11()persp(x,y,z2,theta=40,phi=30,expand=0.5,col= »lightgreen »,ticktype= »detailed ») Il est possible d’ajouter des points au graphique en utilisant points(trans3d()).Regardez bien tous les arguments de la fonction persp() : ?persp. Ils sont nombreux et vous permettront d’obtenir votre surface sous l’angle que vous voulez. Enfin ilRead More →

R permet de faire beaucoup de chose avec les graphiques mais il faut coder ce qu’on veut faire. Nous allons voir ici comment ajouter des courbes, des points et des droites sur un plot. #on crée des données pour l’exemple x<-seq(0:100)a<-2b<-5y1<-a*x+by2<-a*x^0.5+by3<-a*x^0.3+b*xynoisy1<-y1+rnorm(length(y1),sd=0.2*y1)ynoisy2<-y2+rnorm(length(y2),sd=0.2*y2)ynoisy3<-y3+rnorm(length(y3),sd=0.2*y3)#étape 1 on trace la fonction y1 avec un plotplot(y1~x,type=’l’,col= »green »,lwd=2,ylim=c(0,300))#étape 2 on veut ajouter les fonctions y2 et y3 sur le même graphiques : on utilise lineslines(y2~x,type=’l’,col= »blue »,lwd=2)lines(y3~x,type=’l’,col= »purple »,lwd=2)#étape 3 on veut ajouter les nuages de point ynoisy1 2 et 3 sur le graphique: on utilise pointspoints(ynoisy1~x,pch=20,col= »grey »)points(ynoisy2~x,pch=20,col= »black »)points(ynoisy3~x,pch=22,col= »black »)#étape 4 on veut ajouter une droite verticale pour x=50 : on utilise abline(v=) v pour vertical abline(v=50,col= »red »)#étape 5 on veutRead More →

La commande ci-dessous vous retourne la liste des paramètres graphiques et leur valeur trellis.par.get() Pour changer un paramètre, par example axis.text, la commande est la suivante taille<- trellis.par.get(« axis.text ») # extraction du paramètre taille$cex <-5   # changement de sa valeur trellis.par.set(« axis.text », taille) # sauvegarde de la nouvelle valeur  Read More →

Ceci est une liste non exhaustive des paramètres graphiques de la library graphique de base. par() # fonction des paramètres graphiquespar(mar=c(1,1,1,1)) #changer la taille de la marge (bas, gauche, haut, droite)par(oma=c(1,1,1,1)) #changer la taille de la marge extérieure (bas, gauche, haut, droite) par(las=2) #changer l’orientation du texte 0 : toujours parallèle à l’axe [default], 1 : toujours horizontal, 2 : toujours perpendiculaire, 3 : toujours verticalpar(font=1)  #la police à utiliser 1 : normal, 2 : gras , 3 : italiquepar(cex) #la taille du texte Pour plus d’infos, n’oubliez pas ?parRead More →

Vous voulez représenter vos données avec la boîte à moustache de Mr Tukey (boxplot)? Rien de plus facile avec R. #jeu de données fictif pour exemplea<-c(1,1,1,5,5,5,5,6,6,8,8,20,30)b<-c(0.5,4,5,6,6,6,6,6,7,7,7,7,8)#traçons les boxplots de base avec la fonction boxplotboxplot(a)boxplot(b)#on enlève les outliers, en mettant outline=FALSEboxplot(a,outline=FALSE)boxplot(b,outline=FALSE)#pour les mettre à l’horizontalboxplot(a,horizontal=TRUE)boxplot(b,horizontal=TRUE)#changer de couleurboxplot(a,border= »blue »)boxplot(b,border= »purple »)#nouveau jeu de données plus complexen<-c(1,1,1,5,5,5,5,6,6,8,8,20,30,0.5,4,5,6,6,6,6,6,7,7,7,7,8,3,5,8,8,8,8,8,9,9,9,9,11,12)m<-c(rep(‘A’,13),rep(‘B’,13),rep(‘C’,13))data<-data.frame(N=n,M=m)#on visualise le tableau ainsi créédatasummary(data)#On a 13 mesures pour chaque modalité (A,B,C)#comment avoir les boxplots pour chaque modalité?boxplot(data$N~data$M)#on enlève les outliers boxplot(data$N~data$M,outline=FALSE)#on change les couleurs avec l’argument borderboxplot(data$N~data$M,outline=FALSE,border=c(« blue », »purple », »green »))#on change les noms avec names: A devient mesure1, B mesure2, C mesure3boxplot(data$N~data$M,outline=FALSE, names=c(« mesure1″, »mesure2″, »mesure3″))#on ajoute les légendesboxplot(data$N~data$M,xlab= »légende x »,ylab= »légende y »,main= »boxplot »)#on colore les boîtes avec l’argument colboxplot(data$N~data$M,outline=FALSE,col=c(« blue », »purple », »green »)) #on changeRead More →

Il existe plusieurs façons de faire un graphique avec deux ordonnées. En voici une qui utilise les outils graphiques de base # Données d’exemple (peu importe…)times<-seq(0,3000)p<- 0.002197451 * exp(- 0.0009076665 *times)b1<- 7.376812e-08b2<-0.2652811b3<- 1986.235s<-b1*exp(-0.5*(log(times/b3)/b2)^2)# On ouvre une nouvelle fenêtre plot.new()# On choisit les paramètres de la fenêtre, voir ?par, ici mar correspond aux marges par(mar=c(5,4,3,4))# On met le premier graphique en définissant les limites des axesplot.new()plot.window(xlim=c(0,3000),ylim=c(0,0.0022))lines(p~times,type=’l’,col=’burlywood1′,lwd=3)# on ajoute les axes et leurs légendesaxis(1)axis(2)title(xlab= »time »)title(ylab= »rp »)# On superpose le graphique avec un axe des ordonnées différent qui sera à droite du graphique (axis(4))plot.window(xlim=c(0,3000),ylim=c(0,8e-08))lines(s~times,type=’l’,col=’burlywood3′,lwd=3)axis(4)#titre du graphiquetitle(main= »force of infection »)#légende de l’ordonnée n°2mtext(« rs »,side=4,line=2.5)#on termine le graphiquebox()Read More →