R intégre e natif tout ce qu’il faut pour réaliser un test de khi2 vous pouvez utilser la fonction chisq.test
Prenons un cas courant de comparaison de deux variables qualitative : on veut savoir s’il existe une différence d’incidence dans un groupe donnée entre les hommes et le femmes pour une maladie donnée.

50 hommes dont 15 malades
70 femmes dont 20 malades


mat<-matrix(c(15,35,20,50), 2, 2, byrow=TRUE)
chisq.test(mat)

dans le cas présent on a une p.value de 0,97, on ne peut donc vraiment pas rejeter l’hypothese d’equivalence entre les hommes et les femmes.