Comment tracer un graphique à deux ordonnées dans R ?

Il existe plusieurs façons de faire un graphique avec deux ordonnées. En voici une qui utilise les outils graphiques de base

 
# Données d'exemple (peu importe...)
times<-seq(0,3000)
p<- 0.002197451 * exp(- 0.0009076665 *times)
b1<- 7.376812e-08
b2<-0.2652811
b3<- 1986.235
s<-b1*exp(-0.5*(log(times/b3)/b2)^2)
# On ouvre une nouvelle fenêtre plot.new()
# On choisit les paramètres de la fenêtre, voir ?par, ici mar correspond aux marges par(mar=c(5,4,3,4))
# On met le premier graphique en définissant les limites des axes
plot.new()
plot.window(xlim=c(0,3000),ylim=c(0,0.0022))

lines(p~times,type='l',col='burlywood1',lwd=3)
# on ajoute les axes et leurs légendes
axis(1)
axis(2)
title(xlab="time")
title(ylab="rp")
# On superpose le graphique avec un axe des ordonnées différent qui sera à droite du graphique (axis(4))
plot.window(xlim=c(0,3000),ylim=c(0,8e-08))
lines(s~times,type='l',col='burlywood3',lwd=3)
axis(4)
#titre du graphique
title(main="force of infection")
#légende de l'ordonnée n°2
mtext("rs",side=4,line=2.5)
#on termine le graphique
box()